WB實驗不成功?36條Tips來支招!
免疫印跡(Western blot,WB)是蛋白組學(xué)中檢測復(fù)雜生物提取物中特定蛋白質(zhì)存在的方法之一。其過程先要進(jìn)行SDS-PAGE,然后將分離的蛋白質(zhì)樣品用電轉(zhuǎn)儀轉(zhuǎn)移到固相載體上,而后,利用抗原-抗體-標(biāo)記物顯色來檢測樣品。
由于WB實驗實驗流程長、涉及步驟多、操作細(xì)節(jié)要求高,經(jīng)常會出現(xiàn)一些NG的情況讓W(xué)B新手摸不著頭腦。為了幫助大家更好地完成WB實驗,我們給大家整理了一些WB中常見的問題,并讓技術(shù)老師給參考處理辦法,幫助大家解決實驗問題,實驗順順順!
1.“微笑”條帶
原因:凝膠不充分;電壓過高;溫度過高;電泳速度過快
建議:待充分凝膠后再電泳;降低電壓;低溫電泳;減慢電泳速度
2.“皺眉”條帶
原因:凝膠與玻璃擋板質(zhì)之間有氣泡
建議:在兩板間加入適量緩沖液以排除氣泡
3.條帶拖尾
原因:凝膠濃度過高;電泳緩沖液失效;蛋白降解
建議:重新配制電泳緩沖液;降低凝膠濃度;
4.垂直紋理
原因:樣品裂解不充分;樣品有不溶性顆粒;蛋白降解
建議:加樣前離心樣品;優(yōu)化蛋白提取方法,尋找合適裂解液
5.條帶模糊
原因:蛋白未完全變性;電泳太快;轉(zhuǎn)膜問題
建議:完全變性蛋白樣品、降低電泳時間、電泳之后及時將凝膠浸泡在轉(zhuǎn)膜液中
6.膜上無大分子條帶
原因:轉(zhuǎn)膜時間短;蛋白太大轉(zhuǎn)不過
建議:轉(zhuǎn)膜條件(延長時間)、選擇濕轉(zhuǎn)(半干轉(zhuǎn)不適合大分子條帶)、選擇NC膜,降低凝膠濃度
7.膜上無小分子條帶
原因:膜孔徑大于蛋白,轉(zhuǎn)膜時間過長
建議:減少轉(zhuǎn)膜時間,選擇PVDF膜
8.膜上無條帶
原因:操作原因;膜的選擇不適合,蛋白與膜的結(jié)合能力弱
建議:檢查轉(zhuǎn)膜條件、選取合適的膜
9.蛋白條帶轉(zhuǎn)到濾紙上
原因:電壓過高;時間過長;膜的孔徑太大
建議:降低電壓,減少轉(zhuǎn)膜時間;選擇合適的膜
信號強(qiáng)度低是指在正常曝光條件下得到的目的條帶微小或是沒有目的條帶,而增加曝光時間又會招致背景高、雜帶多等問題。掃除試劑質(zhì)量、操作失誤等方面的影響,這一類問題產(chǎn)生的主要緣由如下:
10.樣本蛋白表達(dá)量缺乏
倡議添加蛋白表達(dá)量較高的細(xì)胞系作為陽性對照,或是恰當(dāng)增加上樣量以取得較高程度的信號;
11.蛋白質(zhì)降解
在蛋白樣品制備期間留意蛋白酶抑止劑 PMSF 的運(yùn)用,所制備的樣品盡快檢測或妥善保管;
12.蛋白的轉(zhuǎn)膜
運(yùn)用恰當(dāng)孔徑的膜,同時優(yōu)化轉(zhuǎn)膜時間,關(guān)于高分子量蛋白可能需求更長的轉(zhuǎn)膜時間;
13.抗體的運(yùn)用
確保抗體的反應(yīng)種屬與實驗類型需求可以滿足實驗的需求,此外,抗體的稀釋比、孵育時間等問題也需求在實驗中不時優(yōu)化;
14.蛋白與抗體分離率低
減少洗膜次數(shù)或縮短洗膜時間,降低洗膜液中 NaCl 濃度等;
15.抗原被封鎖液遮蓋
換用不同的封鎖液,優(yōu)化封鎖液中蛋白質(zhì)濃度并縮短封鎖時間;
16.甲醇濃度過高
會招致蛋白質(zhì)與 SDS 別離,并沉淀在凝膠中,同時使凝膠收縮或變硬,從而抑止高分子量蛋白的轉(zhuǎn)移。實驗中可恰當(dāng)降低甲醇濃度或者運(yùn)用乙醇、異丙醇替代。
WB 結(jié)果中目的條帶之外的條帶被稱為非特異性條帶,有時非特異性條帶很明顯,卻沒有目的條帶,這些狀況對結(jié)果剖析會產(chǎn)生很大的干擾。一般來說,引起這類問題的主要要素有:
17.抗體的非特異性分離
通常以為,多抗的特異性不如單抗,更容易產(chǎn)生非特異性條帶,而恰當(dāng)降低抗體的濃度有助于減少雜帶。同時為了掃除二抗非特異性分離的可能,倡議設(shè)二抗陰性對照;
18.樣品蛋白量過高
恰當(dāng)降低上樣量,同時延長洗濯時間與封鎖時間可防止蛋白量過高對實驗結(jié)果的不良影響;
19.蛋白質(zhì)降解
會招致條帶位置變化并產(chǎn)生更多雜帶,倡議采用新穎制備的或是凍融次數(shù)較少的樣品;
20.細(xì)胞傳代次數(shù)過多
會招致蛋白表達(dá)形式的分化,倡議運(yùn)用原始或傳代少的細(xì)胞株;
21.蛋白存在復(fù)合物
有的目的蛋白會和其他蛋白分離構(gòu)成復(fù)合物,招致條帶位置改動,需求查閱相關(guān)文獻(xiàn)來肯定蛋白能否會構(gòu)成穩(wěn)定復(fù)合物;
22.蛋白存在剪接體或多種修飾方式
局部蛋白存在剪切位點,有的剪切體具有免疫活性,在 WB 中也會被檢測出。此外有的目的蛋白會存在糖基化位點或其他修飾位點,條帶大小可能會遠(yuǎn)超理論分子量。因而需求查閱文獻(xiàn)或是 uniprot 來得知蛋白的剪切體大小以及修飾位點等。
在局部 WB 結(jié)果中,條帶之外本應(yīng)是空白的背景也會有較深的顏色,對剖析結(jié)果會產(chǎn)生干擾,而且結(jié)果圖不美觀,難以用于文章發(fā)表。這種問題的可能緣由有以下幾點:
23.封鎖不充沛
背景過高的主要緣由之一是封鎖有問題,倡議運(yùn)用適宜的封鎖劑(脫脂奶粉、BSA 等),優(yōu)化反響濃度與封鎖時間,同時留意防止呈現(xiàn)抗體與封鎖劑的穿插反響,以及封鎖劑與含有目的抗原,內(nèi)源性生物素或者與抗生物素蛋白/鏈霉親和素不相溶等問題;
24.洗膜不充沛
恰當(dāng)增加洗膜次數(shù)弛緩沖液體積,進(jìn)步吐溫20的百分比可改善由洗膜不充沛招致的背景高的問題;
25.抗體的運(yùn)用
一抗?jié)舛蛇^高是高背景的緣由之一,且二抗也存在與封鎖劑非特異性分離的可能,因而倡議恰當(dāng)優(yōu)化一抗?jié)舛?,并設(shè)二抗陰性對照;
26.曝光時間長
倡議在實驗中采用適宜的曝光時間。
有時 WB 結(jié)果圖中條帶位置契合預(yù)期,但卻由于條帶彌散、外形怪異等要素招致無法運(yùn)用,呈現(xiàn)這種狀況多半是制膠或電泳過程出了問題,詳細(xì)如下:
27.電泳時電壓、電流過高
會招致條帶遷移速率過快以及 SDS-PAGE 溫度升高,并可能使得條帶彌散、外形變形。倡議運(yùn)用適宜的電泳條件并堅持低溫;
28.電極不均衡
會招致條帶偏斜,上樣時在無樣品的膠孔中參加等量樣品緩沖液可防止這種狀況;
29.上樣量過高,樣品中鹽離子濃度較大
上樣量過高可能會招致條帶彌散,樣品中的鹽離子濃度不分歧則會招致條帶不齊等問題。因而在上樣時需保證樣品量分歧且恰當(dāng),并堅持相同的、較低的鹽離子濃度;
30.制膠問題
在配膠時一定要保證充沛混勻,平均凝膠,上樣前用針頭將膠孔撥正并吹出膠孔中的氣泡。
31.電泳緩沖液寄存過久
電泳實驗中的緩沖液假如放置過久也會對結(jié)果有不良影響,因而倡議及時改換新的緩沖液。
有時在 WB 做出結(jié)果后,除了目的條帶以外,膜上還散布著不規(guī)律的污點,對結(jié)果也會有較大的干擾。這類問題產(chǎn)生的主要緣由有以下幾點:
32.試劑、儀器等污染
倡議在每次實驗前后留意清算實驗儀器,同時及時改換呈現(xiàn)問題的試劑;
33.轉(zhuǎn)膜時有氣泡
確保在轉(zhuǎn)膜過程中將氣泡掃除潔凈;
34.抗體孵育時與膜接觸不充沛
確保在抗體孵育過程中,液體總量足夠,同時將抗體平均配置,并在搖擺的條件下停止孵育;
35.曝光時間
過度曝光會招致斑點更明顯,倡議采用適宜的曝光時間;
36.膜枯燥
實驗中要保證有充沛的反響液,防止呈現(xiàn)干膜現(xiàn)象。
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